Jestliže anarchismus byl prakticky po celou svou existenci spojen se snahami uskutečňovat své myšlenky v malém, v družstvech, „vzorných obcích“ a komunistických koloniích, teoretický základ tohoto úsilí nacházíme na přelomu 19. a 20. století u německého anarchisty Gustava Landauera. Ten kritizoval většinový proud v socialismu za jeho odsouvání socialistického ideálu na dobu po revoluci, což vede v nerevoluční realitě buď k rezignaci, nebo ke smíření se stávajícím světem a k reformismu spojenému s očekáváním, že se kapitalismus zhroutí sám od sebe. Landauera neuspokojovala ani jedna z těchto možností. Smyslem anarchistické aktivity bylo „vystoupit z kapitalismu“ teď a tady a vytvářet společenstva, která dokážou být nezávislá na vnější společnosti, a udrží si tak i autonomii osobní etiky a kultury mezilidských vztahů. Revoluce nebyla Landauerovi jednorázovým zvratem, který otevře cestu k všeobecné spáse, ale naopak procesem pozvolného převažování lepších, svobodných vztahů nad těmi horšími, utlačovatelskými. Sama moc a nadvláda totiž pro Landauera nepředstavovala něco, co by existovalo pouze nad lidmi, a tedy mimo ně. Lidé se na moci i na jejích negativních dopadech podílejí a musejí se z tohoto podílu vědomě a z vlastní vůle vyvázat: „Stát je podmínka, určitý vztah mezi lidskými bytostmi, způsob chování, který zničíme navazováním jiných vztahů, tím, že se budeme jeden k druhému chovat jinak... My jsme stát a zůstaneme jím, dokud nevytvoříme instituce, které budou zakládat skutečnou pospolitost.“ Prostředkem k překonání autoritářství mělo být právě prosazení svobodomyslnosti a solidarity v autonomně vznikajících anarchistických pospolitostech, což bude znamenat „revoluci ducha“.
Rysy těchto Landauerem předjímaných komunit se objevily ve španělském anarchistickém hnutí už před revolucí a zejména pak během ní. Anarchisté se snažili vytvářet – nejprve v opozici proti tlaku autorit a posléze v reakci na potřebu reorganizovat společnost v období revoluce a občanské války – svobodné a rovnostářské pospolitosti. Zprostředkovaně měl ale Landauerův ideál jistý vliv i na izraelské kibucy.
Po druhé světové válce se začaly autonomistické myšlenky prosazovat zejména v hnutích mládeže v šedesátých letech a následně. Na jedné straně se část jejich účastníků snažila uskutečnit své myšlenky v praxi nejrůznějších komun, squatů (nelegálně obsazených domů) a dalších osvobozených prostorů naplněných neautoritářskými formami pospolitého života. Na straně druhé se našli teoretici, kteří se odvrátili od vize revoluční změny coby jednorázového kroku a naprostého předělu mezi špatnou kapitalistickou společností minulosti a dobrou společností porevoluční budoucnosti.
Nejvýznamnější z nich byl v té době britský autor Colin Ward. Pro něj anarchismus neznamenal představu o tom, jak by měla vypadat budoucí společnost, ale namísto toho spíše principy, podle kterých se lidé mohou účinně a zároveň svobodně a rovnostářsky organizovat. Představa anarchistické společnosti může být povzbuzující utopií, která nás má ale především inspirovat k tomu, abychom co nejvíc z anarchistických myšlenek a způsobů sdružování uplatňovali už dnes, abychom v různých oblastech svého života vytvářeli takovou praxi, která se bude co nejvíce blížit našim představám a zároveň bude vytlačovat autoritářské návyky a způsoby organizace. Nehierarchické, federalistické sebe-organizování se podle Warda mohlo bez obav uplatnit i ve většině sfér společenského života, kde se dosud zdánlivě prosazovaly především autoritářské způsoby organizace – i pod nimi totiž existoval jakýsi protiproud organizace na anarchistických principech, i když tak většinou nebyl označován. Největší otazníky si autor kladl u obrany společnosti před zločinností – zde by totiž společenská sebeorganizace mohla vést k prosazení hodnot konformismu, což by bylo v přímém protikladu s anarchistickými představami.
Jestliže Wardova teorie oslavovala samosprávu a aktivity malých skupin, „spíše masu společností než masovou společnost“, pak další autor, kterého lze přiřadit k autonomistické tradici, americký anarchista osmdesátých a devadesátých let 20. století Hakim Bey, vyzýval otevřeně k rezignaci nejen na revoluční perspektivu, ale i na zaměření na celou společnost. Nemělo už smysl čelit moci úplnou konfrontací a snahou o její svržení, to by vedlo jen ke zbytečnému mučednictví a sebeoběti v boji s nepoměrně silnějším nepřítelem. Lákavé bylo naopak moc podvracet aktivitami, které budou časově i místně omezené a zaměřené především na své vlastní účastníky. Jestliže moc nelze svrhnout, té se na druhou stranu nedaří a nikdy nemůže podařit ovládat celé teritorium, jehož kontrolu proklamuje. Symbolem panství moci nad teritoriem je pro Beye mapa – žádná ale nemůže existovat v měřítku 1:1. Jednotlivá místa lze dočasně vymanit z pod kontroly mocí, vytvořit z nich prostor pro osvobozenou lidskou radost, Beyovými slovy „dočasnou autonomní zónu“. Dočasnou proto, že smysl podle Beye nemá konfrontovat moc a marně s ní bojovat o dočasně osvobozený prostor, ale včas se stáhnout a chystat se k dalšímu, stejně nenadálému a stejně dočasnému útoku. Prvky těchto myšlenek lze najít např. ve street parties a tekno parties, ale podle Beye byly „dočasnými autonomními zónami“ i všechny dosavadní anarchistické revoluce – samozřejmě nikoli z vůle svých účastníků. Dodejme, že v opozici proti Beyově koncepci se někteří autonomové hlásili spíše k vizi „permanentních autonomních zón“, tedy k tomu, že lidé budou své ostrůvky osvobozeného území a života snažit trvale udržet a bránit před nátlakem moci (to se týkalo např. již zmíněných komun a obsazených domů – squatů).
Český časopis Autonomie hlásící se k autonomismu odůvodnil v devadesátých letech 20. století svou pozici způsobem, který upomíná na Michela Foucaulta a jeho koncept biomoci: „Revoluce sama o sobě je… nedostačující, protože v otázce na koho se zaměřit, zda na vládnoucí, nebo na ovládané, odpovídá: Na vládnoucí. Představme si však Systém jako hierarchickou pyramidu. Pokud útočíme na vládce a šéfy, útočíme jen na vrchol. Odstraníme-li (pohybujeme se teď ve zcela zjednodušeném modelu) představitele státu, vládnoucí mocenskou špičku, spodek pyramidy (konec konců její základ, který zajišťuje stabilitu a funkčnost systému) – lidé, kteří byli celý život zvyklí poslouchat – dosadí nové. To je vražedná setrvačnost Systému… Zaměřme se na spodek pyramidy. Odstraňujme jeden kvádr po druhém. Až bude čas, systém se zhroutí. (...) Život nemá být zasvěcen globální každodenní změně, základní politická změna má být realizována životem samotným. (...) Neskákejme kolem vize Anarchie a Svobody jako kolem posvátné modly. Můžeme již nyní prověřovat její možnosti v autonomních společenstvích. A snad zjistíme, že žádná svoboda není možná bez odpovědnosti. Proto je svoboda stálou výzvou a osvobozování věčnou povinností.“
* * *
Snaha odpojit se od autoritářského systému a vytvořit si vlastní život s novými hodnotami teď a tady, bez ohledu na to, jak blízká či vzdálená je celospolečenská změna, představovala sice v anarchistické tradici lákavou možnost, byla však zároveň vystavována tvrdé kritice. Podle mnohých anarchistů byla představa, že lze vystoupit ze sítě kapitalistických a autoritářských vztahů, aniž by zároveň byly celospolečensky zrušeny a odstraněny, nebezpečnou iluzí. Výrobní družstva zakládaná na ohleduplnosti mohou sotva uspět v konkurenci s bezohlednými kapitalistickými firmami; squaty a jiné autonomní zóny se buď musejí naučit nějakému soužití s okolním světem, nebo jsou smeteny. Okolní pokřivené vztahy se budou plně promítat i do údajně osvobozených komunit, ty navíc budou mít mnoho negativních rysů malých a relativně izolovaných společenství. Tak může autonomismus podle svých kritiků vytvořit pouhou karikaturu anarchistické společnosti, ne její zárodek či předobraz. Odvádí navíc energii alternativního hnutí od podvratného, revolučního úsilí, které jediné podle revolučních anarchistů může vytvořit podmínky pro vytváření skutečně svobodných lidských komunit. A konečně nezřídka může zdegenerovat v sobectví izolovaných pospolitostí, uzavřených do sebe a neschopných širší společenské angažovanosti ve prospěch celé společnosti a k její změně.